光绪31年（1905年）10月，周庄小学创建于镇南南湖之滨，由乡董陶惟坻捐资购买南栅徐姓民宅一幢及相邻的周庄巡检司署为校舍，名为元江两等小学堂。
光绪33年，文人沈根黄在双桥畔开办沈氏义庄小学，著名教育家沈体兰先生就在该校就学，后该校并入周庄小学。
民国18年，担任江苏省主席的叶楚伧发起筹款赞助，扩建学校。次年，学校被吴县立为乡重点小学，至抗战前夕，学校已有8个班级。
1952年，周庄镇划归昆山县，学校更名为昆山县周庄中心小学校，下设四所完小校。
1957年，全镇学校数达43所，包括1所中心校，4所完小校和38所村小校，村村办起了小学校。
1989年，云南完小校建造二层教学楼，共4个教室，2个办公室。1992年又增建一幢，5个教室，3个办公室。
1990年，镇政府易地新建校舍，学校由南湖之滨整体搬迁至全福路上。
1991年，镇政府投资，易地新建龙亭完小校，占地15亩。
1992年起，全镇逐步缩减村小校，到1996年，周庄中心校下属4所完小校，3所初小校。1999年，仅留龙凤1所初小校。
2000年9月，镇政府又在淀南路辟地65亩新建校舍。2001年9月新校落成并启用，同时撤并下属的四所完小校，下设龙亭、云南2个办班点。
2004年，撤掉龙亭、云南2个办班点，真正开形成了“一镇一校”的办学新格局。
